Wikiversity:Fellow-Programm Freies Wissen/Einreichungen/ALPACA – Automated Labelling and Parcellation of Auditory Cortex Areas/Datenmanagementplan

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Hier entsteht ein Datenmanagementplan für alle im Projekt ALPACA – Automated Labelling and Parcellation of Auditory Cortex Areas verwendeten und anfallenden digitalen Objekte wie Messungen, Medien, Texte, Software etc. (angelehnt an Data Management Plan der UB Bielefeld).

Vorhandene Daten[Bearbeiten]

Momentan sind keinerlei Daten verfügbar, welche für das Projekt verwendet werden können. Die Verwendung von Daten früherer Studien (Stimuli, Code, etc.) befindet sich in der Abklärung.

Im Projekt verwendete Daten[Bearbeiten]

open lab notebook

Über die Dauer des Projekts hinweg wird ein frei zugängliches "open lab notebook" geführt, welches Arbeitsschritte und Verlauf auf wöchentlicher Basis dokumentiert. Selbiges wird dabei Informationen zu allen Punkten des Projekts beinhalten, so z.B. Prozess, Datenerzeugung, Datendokumentation, Datenverarbeitung.

probandenbezogene Daten

Innerhalb des Projekts werden innerhalb einer Stichprobe von 10 Probanden diverse probandenbezogene Daten erhoben, welche nachfolgend aufgelistet und genauer beschrieben werden:

  1. demographische Daten → Alter, Geschlecht, Händigkeit
  2. behaviorale Anordnung → 1 Ähnlichkeitsmatrix der verwendeten Stimuli pro ProbandIn und im Dateiformat *.mat , basierend auf "inverse multidimensional scaling"
  3. Bildgebungsdaten → pro ProbandIn 1 x strukturelle MRT-Aufnahme des Kopfes (im Format *.nii.gz), funktionelle MRT-Aufnahmen des Kopfes (im Format *.nii.gz) & elektroenzephalografische Aufnahmen (im Format *.fif) - jeweils 4 Durchgänge einer kombinierten fMRT-EEG-Messung

Stimuli-Ähnlichkeitsmatrix Modelle

Innerhalb eines Verarbeitungsansatzes, dem "searchlight mapping", werden Modelle zur Lokalisation und Unterteilung des auditorischen Kortex eingesetzt. Genauer sind dies: 2 x konzeptuelle, 1 x "auditory features", 1 x künstliche neuronale Netze - jeweils im Format *.mat

software / code

Alle im Verlauf des Projekts erarbeiteten Stimuli und Analyseskripte werden wie folgt frei zugänglich bereitgestellt: 1 x Stimuli (Tonotopie in *.wav), 2 x Skript für Experimentalsteuerung (Tonotopie, "natural sounds") im Psychopy-Format, 6 x Skripte für Datenverarbeitung im Format *.py; zusätzlich werden die Skripte für die Datenverarbeitung innerhalb eines "docker image" als "BIDS-app" auf "docker hub" bereitgestellt

tutorials

Zum besseren Verständnis und zwecks erhöhter Nachvollziehbarkeit werden projektbezogene tutorials (welche zugleich für andere Projekte flexibel anpassbar sind) erstellt: 1 x Erstellung von Tonotopie-Stimuli, 1 x Erstellung von "regions of interest" basierend auf Atlanten des Gehirns, 6 x Datenverarbeitung - jeweils im Format .ipynb (auch innerhalb von binder)

Datenorganisation[Bearbeiten]

Hinsichtlich der Datenorganisation wird eine Zweiteilung vorgenommen, welche sich zwischen den Bildgebungsdaten und allen übrigen Daten vollzieht.

Alle Bildgebungsdaten bzw. probandInnen relatierten Daten werden in der Brain Imaging Data Structure (BIDS) organisiert und auf www.openfmri.org bereitgestellt. Die übrigen Daten (z.B. Skripte, etc.) werden innerhalb der Projektseite auf www.github.com und www.osf.io zur Verfügung stehen.

Administrative und rechtliche Aspekte[Bearbeiten]

Urheberrecht und Lizenzen[Bearbeiten]

Angabe zur Herkunft erstellter Daten, ggf. daran geltenden Rechten und ihre Lizensierung

Weitere Rechtliche Anforderungen[Bearbeiten]

Weitere rechtliche Vorschriften und Vorgaben von beteiligten Institutionen (z.B. Policies für Lizensierung, Datenaufnahme in Repository, Selektion der Daten...)

Zugriff und Nutzung[Bearbeiten]

Definition der Zielgruppen und Zugriffsrechte, sowie Festlegung der Implementierung von Nutzungseinschränkungen (sowohl technisch als auch organisatorisch)

Datenschutz[Bearbeiten]

Der Datenschutz wird durch eine Pseudonymisierung erreicht, welche sich durch eine Strukturierung der Daten in der Brain Imaging Data Structure (BIDS) ergibt. Aus allen bildgebenden Daten (z.B. strukturelle MRT) werden mittels des Programms pydeface werden alle Merkmale entfernt welche eine Identifikation der ProbandInnen ermöglichen würden. Selbiges ist auch Teil der BIDS.

Datensicherung und Backups[Bearbeiten]

Alle Daten werden auf einem gesicherten server-System gespeichert, welches ein wöchentliches backup erfährt. Weiterhin werden die Daten in entsprechend lizensierter Form auf www.openfmri.org bereitgestellt.

Archivierung, Datenaustausch und Datenpublikation[Bearbeiten]

Welche Daten werden importiert, getauscht, veröffentlicht, archiviert? Wie wird der Datenaustausch technisch und organisatorisch umgesetzt?

Verantwortlichkeiten und Pflichten[Bearbeiten]

Die Verantwortlichkeit hinsichtlich des Datenmanagements liegt vollständig bei Peer Herholz.

Kosten und Ressourcen[Bearbeiten]

Kosten für die Einhaltung des Datenmanagementplans (Betrieb, Erfassung, Archivierung, etc.) entfallen. Der entsprechende Personalaufwand ist im Projekt zu verorten.