Projekt:Fellow-Programm Freies Wissen Einreichungen 2019/Executable Paper Projekt/Abschlussbericht

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I. Infos zum eigenen Forschungsvorhaben[Bearbeiten]

A. Zusammenfassung und Ergebnisse[Bearbeiten]

Ich habe ein executable paper basierend auf einer meiner exisiterenden Publikationen erstellt. Das paper ist auf GitHub verfügbar (https://github.com/JanaLasser/salt-polygons-are-caused-by-convection) und kann mit Hilfe von Binder direkt ausgeführt werden. Die Publikation beinhaltet interaktive Elemente und weiterführende Informationen und erlaubt ein direktes Nachvollziehen der Forschungsergebnisse anhand der Primärdaten. Darüber hinaus habe ich für die Publikation sechs Datensätze, die die Gegebenheiten in Salwüsten beschreiben, aufbereitet und über die Plattform PANGAEA öffentlich zur Verfügung gestellt:

  • Temperatur und Luftfeuchte Daten [1]
  • Oberflächenscans [2]
  • Salzkonzentrationsprofile und Porenwasserdichte [3]
  • Bilder und Videos [4]
  • Körnchengrößenverteilungen des Untergrunds [5]
  • Chemische Charakterisierung der Krustensalze [6]

Basierend auf diesen Datensätzen habe ich eine weitere Publikation geschrieben, die die Datensätze beschreibt. Diese Publikation ist aktuell bei Earth Systems Sience Data unter Begutachtung [7].

Eigentlich war vorgesehen, meine Erfahrungen mit der Erstellung eines executable papers im Rahmen eines kleinen Workshops weiterzugeben. Das war leider bis jetzt durch die aktuellen Umstände noch nicht möglich, ist aber auf jeden Fall noch für die zweite Jahrehälfte geplant. Stattdessen habe ich meine Erfahrungen in einem Blog Post festgehalten, der demnächst im Wikimedia Blog erscheint.


B. Beitrag zu Offener Wissenschaft​[Bearbeiten]

Meine Erfahrungen mit der Erstellung eines executable paper habe ich dokumentiert und mache sie anderen Wissenschaftler*innen zugänglich. Dadurch ist für andere Forscher*innen besser abschätzbar, was die Vor- und Nachteile dieses Formates sind, und insbesondere auch, welche Tools und Workflows sich eignen, um ein executable paper zu erstellen. Darüber hinaus konnte ich durch die Arbeit an meinem eigenen executable paper mehrere Datensätze so aufbereiten, dass sie jetzt öffentlich zugänglich und gut nachnutzbar sind.


II. Zusammenarbeit​ ​mit​ ​Fellows​ ​und Mentor*innen[Bearbeiten]

A. Zusammenarbeit​ ​mit​ ​deiner​ ​Mentorin/deinem​ ​Mentor[Bearbeiten]

Der Austausch fand etwa alle zwei Monate per Videotelefonie statt. Mir hat der regelmäßige Austausch geholfen, an meinem Projekt dran zu bleiben und immer wieder die aktuellen Fortschritte zu präsentieren. Darüber hinaus fand ich den Input für mein Projekt sehr hilfreich. Leider war ich sowohl am Auftakts- als auch am Zwischenworkshop verhindert. Das tut mir sehr leid, da ich meine Mentorin sehr gerne persönlich kennengelernt hätte. Das hätte den Austausch sicher noch einmal intensiviert und vorangebracht.

B. Austausch​ ​mit​ ​anderen​ ​Fellows[Bearbeiten]

Mit anderen Fellows habe ich mich leider relativ wenig ausgetauscht. Das liegt zum einen daran, dass ich zu beiden Workshops verhindert war. Zum anderen fand ich es schwierig, auf zwei weiteren Kommunikationskanälen (Mattermost, Twitter) präsent zu sein. Zusammenfassend muss ich sagen, dass der Aspekt des Austausches mit Fellows ohne die persönlichen Treffen nicht wirklich ins Rollen kommt. Ich wusste schon vor beginn des Programms, dass ich am Auftaktworkshop nicht würde teilnehmen können. Rückblickend betrachtet hätte ich unter diesen Umständen vielleicht einer anderen Person meinen Platz im Programm überlassen sollen. Zum Zwischenworkshop wurde ich dann unvorhersehbar krank und war nicht reisefähig. Das war sehr unglücklich, da ich die anderen Fellows und Mentoren wirklich sehr gerne kennengelernt hätte. Ich freue mich trotzdem auf den Abschlussworkshop und darauf, die spannenden Projekte der anderen Fellows kennen zu lernen.

III. Kommunikation​ ​und​ ​Vernetzung​[Bearbeiten]

A. Kommunikationsaktivitäten​ ​mit​ ​Bezug​ ​zum​ ​Fellow-Programm[Bearbeiten]

Wie bereits in Punkt (I) beschrieben, habe ich sowohl einen Blogpost als auch eine ausführbare Publikation und eine Datenpublikation im Rahmen des Fellow-Programms initiiert.

B. Weitergabe von Wissen[Bearbeiten]

Ich konnte mein Wissen über offene Wissenschaft insbesondere im direkten Kontakt mit Kolleg*innen weitergeben. In den letzten Monaten habe ich zusammen mit anderen Forscher*innen meines Instituts einen umfangreichen Datensatz von Regierungsmaßnahmen gegen die Ausbreitung des Corona-Virus zusammengestellt [8]. Der Datensatz steht öffentlich zur Verfügung und ein beschreibender preprint ist auf medarxiv hochgeladen [9]. Beim Erstellen und hosten des Datensatzes konnte ich die durch mein Projekt gewonnenen Erfahrungen im Publizieren von Daten sehr gewinnbringend einbringen und meine Kolleg*innen beraten – auch was die Wahl einer passenden freien Lizenz anbelangt.

C. Neue Kontakte mit der Community für Offene Wissenschaft[Bearbeiten]

In meinem Institut gibt es eine neue Mitarbeiterin, die ebenfalls sehr engagiert im Bereich Open Science unterwegs ist. Durch meine Teilnahme am Fellow-Programm (und entsprechende Präsenz auf meiner Institutswebsite) ist sie auf mich aufmerksam geworden. Wir planen in Zukunft zusammen Aktivitäten zur Weiterbildung unserer Kolleg*innen im Bereich Open Science an unserem Institut zu initiieren.

D. Neue Kontakte mit Vertreter*innen der Wikimedia-Communitys[Bearbeiten]

Ich habe zu beginn meiner Zeit als Fellow versucht, mich mit Wiki-Data und Wikiversity auseinanderzusetzen. Ich bin dabei nicht wirklich weit gekommen, da ich die verschiedenen Angebote und Zugänge relativ unübersichtlich finde und nicht wirklich einen Mehrwert für meine eigene Forschungstätigkeit gesehen habe.

E. Vernetzungsmöglichkeiten[Bearbeiten]

Ich fände eine Mailing-Liste, LinkedIn Gruppe oder dergleichen hilfreich, um die Möglichkeit zu behalten, mit anderen Fellows in Kontakt zu treten. Parallel dazu behalte ich natürlich die individuellen Kontakte zu meiner Mentorin und meinen mit-Fellows.

IV.​ ​Förderung​ ​von​ ​Offener​ ​Wissenschaft​[Bearbeiten]

A. Neue Initiativen zur Förderung Offener Wissenschaft[Bearbeiten]

Da ich zur Mitte des Fellow-Programms meine Institution gewechselt habe und die letzten drei Monate relativ chaotisch verlaufen sind, konnte ich an meiner neuen Institution noch nicht gut genug Fuß fassen, um neue Initiativen umzusetzen. Es ist allerdings der Plan entstanden, zusammen mit einer Kollegin Weiterbildungen in verschiedenen Open Science Bereichen an meiner Institution anzubieten. Insbesondere würde ich gerne meine Erfahrungen mit dem executable paper in Rahmen einer coffee lecture weitergeben, am besten im dritten Quartal diesen Jahres, sobald persönliche Treffen wieder möglich sind. Darüber hinaus würde ich gerne einen kleinen Workshop zu Lizenzen und Fragestellungen rund um Urheberrecht, preprints und andere Publikationsformate gestalten.


B. Initiativen zur Förderung Offener Wissenschaften[Bearbeiten]

Wie in Punkt A. Beschrieben, plane ich, zusammen mit einer Kollegin ein Weiterbildungsangebot für verschiedene Open Science bereiche an meiner Institution aufzubauen. In meinem Institut arbeiten viele Menschen an Datenanalysen und Statistik. Die Themen Reproduzierbarkeit und Open Data werden dabei zunehmend wichtig. Wir haben die Möglichkeit, in offenen Formaten wie wöchentlichen Vorträgen, Journal Clubs oder kleineren Seminaren und Workshops bestimmte Themen zu präsentieren oder neue Tools vorzustellen. Davon möchte ich in Zukunft auf jeden Fall Gebrauch machen. Die Herausforderung dabei ist natürlich, die knapp bemessene Zeit von uns und unseren Kollegen sinnvoll zu nützen, da wir alle in unserer Forschung sehr eingebunden sind.


C. Interesse an Offener Wissenschaft[Bearbeiten]

Durch das Fellow-Programm setze ich in meiner eigenen Arbeitsweise noch konsequenter Open Science Praktiken wie das offene Publizieren von Primärdaten, Publizieren in Open Access journals oder das Publizieren von Analysemethoden um. Die von mir co-Betreuten Doktorand*innen und Masterstudent*innen bekommen das als „Normalität“ mit und fangen teilweise schon selbst an, ihre Workflows entsprechend anzupassen.

D. Anwendung von Prinzipien Offener Wissenschaft[Bearbeiten]

Das Fellow Programm war für mich auf jeden Fall sehr nützlich, da es mir erlaubt hat, mir die Zeit zu nehmen, offene Workflows auszuprobieren und für mich in meine Arbeitsweise zu integrieren. So ist die initiale Hürde gefallen, entsprechende Praktiken konsequent in meinem eigenen Arbeiten umzusetzen, da ich mit den Tools und Plattformen jetzt vertraut bin. Dass sich aus meiner Arbeit auch „messbare“ Ergebnisse in der Form von Publikationen ergeben haben freut mich natürlich auch sehr, und wird mir in meiner wissenschaftlichen Karriere weiterhelfen. Langfristig habe ich für mich die Möglichkeit erschlossen, Daten als vollwertige Publikationen zu veröffentlichen – ein Weg der Produktion von Wissen, der mir selbst sehr viel Freude bereitet und den ich in Zukunft sicher häufiger beschreiten werde.

Dein persönliches Gesamtfazit[Bearbeiten]

Ich bin, trotz der Schwierigkeiten im Austausch mit anderen Fellows, sehr froh, am Programm teilgenommen zu haben. Im „normalen“ Forschungsbetrieb wird erwartet, Open Science „nebenher“ zu betreiben, und dem dafür notwendigen Mehraufwand wird kaum Rechnung getragen. Das Fellow-Programm hat mir die Möglichkeit gegeben, mir die notwendige Zeit zu nehmen um Dinge auszuprobieren und Open Science Praktiken konsequent anzuwenden und zu Ende zu führen. Die dabei erlernten Fähigkeiten und gemachten Erfahrungen haben schon jetzt meine Arbeitsweise als Forscherin zum positiven beeinflusst:

  • Insbesondere benutze ich jetzt zum Wissensastausch mit meinen Doktorand*innen und Masterstudierenden auch ein abgewandeltes Format des Executable papers (working papers). Dabei erkenne ich eine deutliche Zeiterstparnis, da die Kommunikation klarer abläuft und meine Studierenden mehr auf Anhieb verstehen.
  • Darüber hinaus denke ich Datenpublikationen bei meinen Forschungsprojekten jetzt direkt von Anfang an mit, was meinen Umgang mit Daten und die Dokumentation der Datenacquise und Transformation deutlich verbessert hat. Davon erwarte ich mir auch eine weitere Zeitersparnis für zukünftige Datenpublikationen.
  • Schlussendlich denke ich bei meinen Datenanalysen jetzt zunehmend immer auch das potentielle Publikum mit, da ich meine Analyse-Skripte ja direkt in executable papers überführen können sollte, sobald die Analyse abgeschlossen ist. Das beeinflusst meine Vorgehensweise, verbessert die Klarheit meiner Skripte und bringt mich dazu, wesentlich mehr zu dokumentieren – was mir natürlich auch wieder selbst zugute kommt, wenn ich ein Skript nach einer längeren Pause wieder anfasse und verstehen möchte.

Referenzen[Bearbeiten]

  1. Nield, Joanna M; Lasser, Jana; Goehring, Lucas. (2020). Temperature and humidity time-series from Owens Lake, central California, measured during one week in November 2016. PANGAEA. (Link)
  2. Nield, Joanna M; Lasser, Jana; Goehring, Lucas. (2020). TLS surface scans from Owens Lake and Badwater Basin, central California, measured in 2016 and 2018. PANGAEA. (Link)
  3. Lasser, Jana; Goehring, Lucas. (2020). Subsurface salt concentration profiles and pore water density measurements from Owens Lake, central California, measured in 2018. PANGAEA. (Link)
  4. Lasser, Jana; Goehring, Lucas; Nield, Joanna M. (2020). Images and Videos from Owens Lake and Badwater Basin in central California, taken in 2016 and 2018. PANGAEA. (Link)
  5. Lasser, Jana; Goehring, Lucas. (2020). Grain size distributions of sand samples from Owens Lake and Badwater Basin in central California, collected in 2016 and 2018. PANGAEA. (Link)
  6. Lasser, Jana; Karius, Volker. (2020). Chemical characterization of salt samples from Owens Lake and Badwater Basin, central California, collected in 2016 and 2018. PANGAEA. (Link)
  7. Lasser, Jana; Nield, Joanna M.; Goehring, Lucas. (2020). Surface and subsurface characterisation of salt pans expressing polygonal patterns. Earth System Science Data, preprint. (Link)
  8. Amelie Desvars-Larrive and Elma Dervic and Nils Haug and Thomas Niederkrotenthaler and Jiaying Chen and Anna Di Natale and Jana Lasser and Diana S Gliga and Alexandra Roux and Abhijit Chakraborty and Alexandr Ten and Alija Dervic and Andrea Pacheco and David Cserjan and Diana Lederhilger and Dorontine Berishaj and Erwin Flores Tames and Huda Takriti and Jan Korbel and Jenny Reddish and Johannes Stangl and Lamija Hadziavdic and Laura Stoeger and Leana Gooriah and Lukas Geyrhofer and Marcia R Ferreira and Rainer Vierlinger and Samantha Holder and Samuel Alvarez and Simon Haberfellner and Verena Ahne and Viktoria Reisch and Vito DP Servedio and Xiao Chen and Xochilt Maria Pocasangre-Orellana and David Garcia and Stefan Thurner (2020). CCCSL: CSH Covid-19 Control Strategies List. GitHub. (Link)
  9. Amelie Desvars-Larrive and Elma Dervic and Nils Haug and Thomas Niederkrotenthaler and Jiaying Chen and Anna Di Natale and Jana Lasser and Diana S Gliga and Alexandra Roux and Abhijit Chakraborty and Alexandr Ten and Alija Dervic and Andrea Pacheco and David Cserjan and Diana Lederhilger and Dorontine Berishaj and Erwin Flores Tames and Huda Takriti and Jan Korbel and Jenny Reddish and Johannes Stangl and Lamija Hadziavdic and Laura Stoeger and Leana Gooriah and Lukas Geyrhofer and Marcia R Ferreira and Rainer Vierlinger and Samantha Holder and Samuel Alvarez and Simon Haberfellner and Verena Ahne and Viktoria Reisch and Vito DP Servedio and Xiao Chen and Xochilt Maria Pocasangre-Orellana and David Garcia and Stefan Thurner (2020). A structured open dataset of government interventions in response to COVID-19. medRxiv, preprint. (Link)