Projekt:Fellow-Programm Freies Wissen Einreichungen 2019/Executable Paper Projekt/Zwischenbericht

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Das Executable Paper Projekt - Zwischenbericht[Bearbeiten]

I. Infos​ ​zum​ ​eigenen​ ​Forschungsvorhaben​ ​(max.​ ​3000​ ​Zeichen)[Bearbeiten]

A. Status​ ​Quo​[Bearbeiten]

In meinem Projekt möchte ich eine moderne Form der Publikation, das “executable paper” (oder auch “reproducible paper”) für mich selbst etablieren und dann meine Erfahrungen mit dem Prozess weitergeben. Dafür möchte ich eine meiner existierenden Publikationen zum Ursprung von Mustern in der Kruste von Salzwüsten verwenden [1]. Das Projekt umfasst folgende Meilensteine:

  1. die Aufbereitung und Veröffentlichung aller Primärdaten,
  2. die Übertragung der ursprünglichen Publikation in ein reproduzierbares Format,
  3. die fortlaufende Dokumentation des Prozesses und
  4. Vorbereitung und Durchführung eines Workshops zur Weitergabe der Erfahrungen.

Bis jetzt entspricht der erreichte Fortschritt meiner Planung anhand des Project-Canvas: ich konnte Meilensteine 1.-3. In einer intensiven Arbeitsphase im Dezember weitestgehend abschließen. Meilenstein 4. folgt in den nächsten Monaten.

B. Fortschritt​[Bearbeiten]

In den letzten Wochen habe ich die der Veröffentlichung zugrunde liegenden Primärdaten strukturiert und den Veröffentlichungsprozess angestoßen. Die Daten haben sehr unterschiedliche Typen (Tabellen, Bilder, Videos) mit geowissenschaftlichem Bezug. Da die Daten so unterschiedlich sind, habe ich sie in sechs verschiedene Pakete aufgeteilt um sie getrennt zu veröffentlichen. Ich hoffe, dass die einzelnen Datensätze dadurch besser auffindbar und besser wiederverwendbar sind. Die Datenpakete umfassen Umfassende Messungen von Korngrößen-Verteilungen aller meiner Forschungsorte im Feld

  1. Eine Datenbank von Fotos der Forschungsorte
  2. räumlich aufgelöste Messungen der Salzkonzentration im Untergrund sowie Messungen der Dichte des Salzwassers
  3. zeitlich aufgelöste Messungen der Temperatur und Luftfeuchte an einigen der Forschungsorte
  4. Hochauflösende Scans der Salzkruste an allen Forschungsorten
  5. chemische Analyse der Bestandteile der Salzkruste

Für die Veröffentlichung der Daten habe ich die Plattform Pangaea [2] ausgewählt, da diese eine qualitätsgesicherte, offene Publikation ohne zusätzliche Kosten ermöglicht. Die Veröffentlichung der Pakete ist angestoßen und ich warte aktuell auf eine Rückmeldung von Pangaea. Um die Datenanalyse und Abbildungen zu reproduzieren, habe ich Python in Kombination mit einem Jupyter-Notebook [3] verwendet. Dies ermöglicht eine Kombination von strukturierten Text, Code und Abbildungen in einem einzigen Dokument. Eine erste Vollständige Version der Publikation ist auf GitHub veröffentlicht [4]. Um die Publikation “auszuführen”, ist ein Link zum Service Binder eingebunden. Damit kann die Publikation “ausgeführt” werden, ohne lokal irgendwelche Programme installieren zu müssen.

Der Projektfortschritt inklusive der abgeschossenen und noch offenen ToDos ist in einem öffentlich zugänglichen Trello-Board [5] dokumentiert. Gesammelte Erfahrungen halte ich in einem ebenfalls zugänglichen Dokument fest [6].

C. Ausblick[Bearbeiten]

In den kommenden Wochen möchte ich die Veröffentlichung der Daten mit Pangaea abschließen und das executable paper verfeinern. Insbesondere habe ich mir dazu vorgenommen

  • interaktive Elemente wie z.B. eine Parameter-Auswahl anhand von Slidern oder eine Landkarte mit einem Mouse-over das zusätzliche Informationen bietet in das Jupyter-Notebook einzubinden,
  • ein übersichtliches und umfangreiches README auf GitHub zu schreiben und
  • die Umsetzung der Bibliographie im Jupyter-Notebook zu vereinfachen.


Im Februar und März möchte ich einen Workshop konzipieren und diesen dann im April oder Mai an der MedUni Wien durchführen. In dem Workshop soll es darum gehen, Teilnehmenden Werkzeuge und praktische Tipps an die Hand zu geben, um sie zu befähigen, möglichst zeiteffizient ihre eigenen executable papers zu kreieren. Dabei soll natürlich besonderer Wert auf den flächendeckenden Einsatz von offenen Werkzeugen und Plattformen gelegt werden.


II. Zusammenarbeit​ ​mit​ ​Fellows​ ​sowie​ ​Mentorinnen​ ​und​ ​Mentoren​ ​(max.​ ​3000​ ​Zeichen)[Bearbeiten]

A. Zusammenarbeit​ ​mit​ ​deiner​ ​Mentorin/deinem​ ​Mentor[Bearbeiten]

Mit meiner Mentorin habe ich mich darauf verständigt, monatliche Skype-Treffen abzuhalten, die bis jetzt auch regelmäßig stattgefunden haben. Der Austausch hilft mir insbesondere dabei, Prioritäten bei der Bearbeitung des Projektes zu setzen. Darüber hinaus bekomme ich hilfreiches Feedback zu meinem Projekt und dem aktuellen Stand sowie möglichen Richtungen, in die das Projekt erweiterbar wäre.Daten-Publikation

B. Austausch​ ​mit​ ​anderen​ ​Fellows[Bearbeiten]

Leider war es bis jetzt nicht möglich, einen gemeinsamen Termin zum Austausch zu dritt (mit meiner mit-Mentee) zu finden, da diese im klinischen Betrieb sehr stark eingebunden ist. Das würde ich mir für die kommenden Monate auf jeden Fall wünschen, um einen Einblick in ihr Projekt und ihren Fortschritt zu bekommen.

Der Austausch mit anderen Fellows über Mattermost findet aktuell nicht wirklich statt. Ich muss sagen, dass mich das aktuell nicht wirklich stört. Neben meiner wissenschaftlichen Tätigkeit und Austausch auf anderen Plattformen (Twitter, Slack, Email…) fehlt mir die Zeit, mich auf einer weiteren Plattform zu engagieren.


III. Kommunikation​ ​und​ ​Vernetzung​ ​(max.​ ​3000​ ​Zeichen)[Bearbeiten]

A. Kommunikationsaktivitäten​ ​mit​ ​Bezug​ ​zum​ ​Fellow-Programm[Bearbeiten]

Neben der Kuratierung der Primärdaten habe ich begonnen, eine Daten-Publikation zu verfassen, die die Datensätze und Messmethoden beschreibt. Die Publikation soll im Verlauf der nächsten Monate bei Earth System Science Data offen publiziert werden. Dies ist zwar nicht Teil meiner ursprünglichen Project-Roadmap, stellt für mich aber eine naheliegende Erweiterung des Projekts dar. Dieses Vorhaben hatte ich nicht in meinen ursprünglichen Projektplan integriert, da mir die Möglichkeit einer reinen Datenpublikation zu dem Zeitpunkt der Erstellung noch nicht bekannt war. Eine peer-reviewed publication aus meinem Projekt zu machen ist aber natürlich sowohl für die Sichtbarkeit des Projektes als auch für meinen eigenen Karriereweg als Wissenschaftlerin sehr wünschenswert.

Darüber hinaus würde ich gerne einen Blogpost mit einer Art schrittweisen Anleitung zum Verfassen von executable papers verfassen, da es zu diesem Thema noch sehr wenig Literatur gibt. Die Erstellung der Anleitung passt gut zur Arbeit an der Vorbereitung des geplanten Workshops, deswegen möchte ich diese beiden Teile parallel bearbeiten und die Anleitung bis Mitte Mai veröffentlichen.

B. Weitergabe von Wissen[Bearbeiten]

Da ich zum Jahreswechsel auch meinen Arbeitgeber gewechselt habe, war es mir bis jetzt noch nicht möglich, mich in Form eines Vortrages oder Workshops einzubringen. Auch meine neuen Kolleg*innen sind bis jetzt praktisch alle auf Urlaub. Ich gehe aber davon aus, dass ich in den nächsten Wochen und Monaten die Möglichkeit ergibt, mit meinem Kolleg*innen über das Thema “offene Wissenschaft” in Kontakt zu kommen.

C. Neue Kontakte Offene Wissenschaft[Bearbeiten]

Leider konnte ich am Auftaktworkshop nicht teilnehmen. Deswegen fehlt mir ein bisschen der Kontakt zu anderen Fellows. Ich hoffe, das verbessert sich nach dem Zwischenworkshop!

D. Neue Kontakte Wikimedia-Communities[Bearbeiten]

Nein.

IV.​ ​Förderung​ ​von​ ​Offener​ ​Wissenschaft​ ​(max.​ ​4000​ ​Zeichen)[Bearbeiten]

A. Neue Initiativen zur Förderung Offener Wissenschaft[Bearbeiten]

An meiner alten Institution (der Max Planck Gesellschaft) hat am 10. und 11. Dezember die “Open Access Ambassadors Conference” [7] stattgefunden. Auf dieser Konferenz sollen sich Botschafter aller 84 Institute der Max Planck Gesellschaft finden und vernetzen, die an ihren Instituten das Thema Open Access voran bringen. Die Konferenz wurde von der Max Planck Digital Library in Kollaboration mit dem PhDnet, der Promovierendenvertretung der Max Planck Gesellschaft, organisiert. Ich war im Jahr 2018 Sprecherin des PhDnet und habe während meiner Amtszeit versucht, das Thema “offene Wissenschaft” unter Nachwuchswissenschaftlern stärker zu etablieren. Auch nach meinem Ausscheiden als Sprecherin bleibe ich dem PhDnet und den Promovierendenvertretungen in Deutschland weiterhin durch meine Mitgliedschaft im Beirat von N² [8] verbunden und vertrete dort unter anderem das Thema “offene Wissenschaft”. Die nun abgehaltene Konferenz ist eine direkte Konsequenz des Engagements des PhDnets für offene Wissenschaft innerhalb der Max Planck Gesellschaft.

B. Initiativen zur Förderung Offener Wissenschaften[Bearbeiten]

Da ich mit Ende des Jahres die Max Planck Gesellschaft verlassen habe und nunmehr an der MedUni Wien als PostDoc beschäftigt bin, konnte ich an meiner neuen Institution leider noch keine weiteren Initiativen anstoßen. Ich plane aber, mich in den kommenden Monaten innerhalb meiner neuen Institution und auch den anderen wissenschaftlichen Institutionen in Wien zum Thema Open Science zu vernetzen und auszutauschen, z.B. mit dem oben erwähnten Workshop. Darüber hinaus arbeite ich daran, eine persönliche Website mit meinem Profil als Wissenschaftlerin zu erstellen. Auf dieser Website sollen meine Open Science Aktivitäten einen großen Bereich einnehmen.

Referenzen[Bearbeiten]

  1. Lasser, Jana et al. (2019). 1, Salt polygons are caused by convection. arXiv. (Link)
  2. Pangaea. (Link)
  3. What is Jupyter? (Link)
  4. Salt polygons are caused by convection (Link)
  5. Trello - executable paper. (Link)
  6. Prozessdokumentation im Pad (Link)
  7. Open Access Ambassadors Conference (Link)
  8. N² – network of doctoral researchers (Link)