Agarose-Gelelektrophorese

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Herstellung des Gels

• Geldichte: 1% bei großen Fragmenten, bis zu 2% bei sehr kleinen Fragmenten(~100 bp) [1% bedeutet 1g auf 100 ml]
• Gelgröße: 15 ml für ein kleines, 50 ml für ein großes Gel
• Entsprechend Geldichte und -größe Agarose (Seakem oder EuroBio) und 0,5x TBE in einem Erlenmeyerkolben zusammengeben
• Gel in der Mikrowelle oder auf einem Rührer zum Sieden bringen
• Gel auf einem Rührer abkühlen lassen
• Gelkammer zum Gießen vorbereiten, Kamm einsetzen
• Wenn das Gel auf ca. 60°C abgekühlt ist, Ethidiumbromidlösung (10 µg/µl) dazugeben (1 µl pro 25 ml Gelvolumen)

Achtung! Ethidiumbromid ist mutagen und durchdringt die Latex-Handschuhe, daher unbedingt Nitril-Handschuhe tragen!

• Gel gießen, erkalten/fest werden lassen
• Gel in die Laufkammer legen, mit 0,5x TBE bedecken

Elektrophorese

• DNA-Leiter und Proben auftragen.
• 3 µl DNA-Leiter in einen Slot. DNA-Leiter entsprechend der erwarteten Fragmente wählen.
• Je 10-25 µl einer Probe mit 3 µl 10x DNA-Probenpuffer mischen.
• DNA-Probenpuffer Bromphenolblau läuft bei ca. 200-300 bp; gut geeignet für Fragmente über 300 bp Länge.
• DNA-Probenpuffer XylencyanolFF läuft bei ca. 3000-6000 bp; gut geeignet für kurze Fagmente.
• Elektrophorese starten. (100 V, ca. 30 min)
• Abschalten der Elektrophorese je nach Position der DNA-Probenpuffer-Bande.
• Betrachten des Gels auf einer UV-Lampe (Gesichtsschutz tragen!) oder mit der Gelkamera photographieren.

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Materialien

Agarose (Seakem oder EuroBio), 0,5x TBE, Ethidiumbromid Erlenmeyerkolben, Gelkammer, Laufkammer, Rührer, ggfs. Mikrowelle

Für ein Gel mit	1%			1,5%			2%
	15 ml	50 ml		15 ml	50 ml		15 ml	50 ml
0,5x TBE	15 ml	50 ml		15 ml	50 ml		15 ml	50 ml
Agarose	0,15 g	0,5 g		0,23 g	0,75 g		0,3 g	1 g
Ethidiumbromid	0,6 µl	2 µl		0,6 µl	2 µl		0,6 µl	2 µl

Agarose [% (w/v)]	Trennbereich [bp]
0,3	5000-60000
0,6	1000-20000
0,7	800-10000
0,9	500-7000
1,2	400-6000
1,5	200-3000
2,0	100-2000

Siehe auch den Enzyklopädieartikel.