Agarose-Gelelektrophorese

Aus Wikiversity
Zur Navigation springen Zur Suche springen

Herstellung des Gels[Bearbeiten]

  • Geldichte: 1% bei großen Fragmenten, bis zu 2% bei sehr kleinen Fragmenten(~100 bp) [1% bedeutet 1g auf 100 ml]
  • Gelgröße: 15 ml für ein kleines, 50 ml für ein großes Gel
  • Entsprechend Geldichte und -größe Agarose (Seakem oder EuroBio) und 0,5x TBE in einem Erlenmeyerkolben zusammengeben
  • Gel in der Mikrowelle oder auf einem Rührer zum Sieden bringen
  • Gel auf einem Rührer abkühlen lassen
  • Gelkammer zum Gießen vorbereiten, Kamm einsetzen
  • Wenn das Gel auf ca. 60°C abgekühlt ist, Ethidiumbromidlösung (10 µg/µl) dazugeben (1 µl pro 25 ml Gelvolumen)

Achtung! Ethidiumbromid ist mutagen und durchdringt die Latex-Handschuhe, daher unbedingt Nitril-Handschuhe tragen!

  • Gel gießen, erkalten/fest werden lassen
  • Gel in die Laufkammer legen, mit 0,5x TBE bedecken

Elektrophorese[Bearbeiten]

  • DNA-Leiter und Proben auftragen.
  • 3 µl DNA-Leiter in einen Slot. DNA-Leiter entsprechend der erwarteten Fragmente wählen.
  • Je 10-25 µl einer Probe mit 3 µl 10x DNA-Probenpuffer mischen.
  • DNA-Probenpuffer Bromphenolblau läuft bei ca. 200-300 bp; gut geeignet für Fragmente über 300 bp Länge.
  • DNA-Probenpuffer XylencyanolFF läuft bei ca. 3000-6000 bp; gut geeignet für kurze Fagmente.
  • Elektrophorese starten. (100 V, ca. 30 min)
  • Abschalten der Elektrophorese je nach Position der DNA-Probenpuffer-Bande.
  • Betrachten des Gels auf einer UV-Lampe (Gesichtsschutz tragen!) oder mit der Gelkamera photographieren.

Materialien[Bearbeiten]

Agarose (Seakem oder EuroBio), 0,5x TBE, Ethidiumbromid Erlenmeyerkolben, Gelkammer, Laufkammer, Rührer, ggfs. Mikrowelle

Für ein Gel mit 1% 1,5% 2%
15 ml 50 ml 15 ml 50 ml 15 ml 50 ml
0,5x TBE 15 ml 50 ml 15 ml 50 ml 15 ml 50 ml
Agarose 0,15 g 0,5 g 0,23 g 0,75 g 0,3 g 1 g
Ethidiumbromid 0,6 µl 2 µl 0,6 µl 2 µl 0,6 µl 2 µl
Agarose [% (w/v)] Trennbereich [bp]
0,3 5000-60000
0,6 1000-20000
0,7 800-10000
0,9 500-7000
1,2 400-6000
1,5 200-3000
2,0 100-2000

Siehe auch den Enzyklopädieartikel.