Phosphoaminosäure-Analyse
Phosphoaminosäure-Analyse (PASA), ausgehend von tryptische eluierten Enzymen.
Vorbereitung der Proben (2 Tage)
[Bearbeiten]- Peptide unter Speed-Vac einengen (Dauer: ca. 1 Tag / Nacht)
- Getrocknete Peptide mit 200µl 6N HCl (ohne Dichtekorrektur) für 2h bei 110°C inkubieren.
- Danach Proben auf Eis abkühlen.
- Falls "Verbrennungsrückstände" auftreten (Schwebteilchen etc., können z.B. von Gelfragmenten herrühen), Probe scharf zentrifugieren (4°C) und nur Überstand weiterverwenden
- HCl unter HCl-SpeedVac abziehen.
- Proben 2x in 50µl MQ lösen und erneut abziehen.
- Cerenkov-Zählung und zu ca. 500-1000 cpm/µl lösen (bei unter ~<1000 cpm in ca. 2µl lösen)
Anschließend Auftrennug der Phosphoaminosäuren nach einer der folgenden Methoden:
1D Dünnschicht-Chromatographie (DC) auf Kieselgel (4h)
[Bearbeiten]- Auf der Kieselgelplatte in ca 2 cm Höhe eine Linie (mit Bleistift) ziehen und Probenauftragspunkte markieren.
- ca. 500-1000cpm (es funktionieren auch weniger) pro Probe auftragen.
- Links und rechts der Proben, jeweils 0,5µl des pThr-pTyr-pSer-Standards auftragen.
- Auf jeden Probenauftrag ebenfalls 0,5µl Standard auftropfen.
- Platte kurz trocknen lassen.
- Laufkammer mit DC-Laufpuffer ca 1,5cm hoch füllen.
- Platte reinstellen und Laufkammer mit Deckel und Handschuh abdichten.
- 3 x 1h Stunde laufen lassen. Nach jeder Stunden, Platte bei 50°C trocknen lassen und DC-Laufpuffer wechseln.
- Standards durch Besprühen mit 0,2 % (w/v) Ninhydrin in Ethanol und anschließender Inkubation bei 80°C sichtbar machen.
- Platte nach Lauf mit Phosphoimager oder Autoradiographie auswerten.
DC-Laufpuffer | |
---|---|
Ethanol (2,19 Teile) | 68,7 ml |
25% (w/v) Ammoniumhydroxid | 31,3 ml |
< 100ml |
1D Dünnschicht-Elektrophorese auf Cellulose
[Bearbeiten]1D-Elektrophorese läuft bei 1000V const. für 20-25 min. Die Stromstärke sollte im Bereich von 10-15 mA liegen. Laufpuffer ist ein Ameisensäure-Eisessig-MQ Gemisch.
- Nach Laufstopp wird mit einer Ninhydrin-Lösung die Membran besprüht und anschließend im Trockenschrank bei 80°C für 5 min. getrocknet. Es tritt eine
Färbung des Standards ein, die eine Kontrolle ermöglicht.
- Zur Auswertung der Platte wird diese über Nacht in die GS-505 Sample Exposure Platform aufbewahrt und am nächsten Tag im Phospho-Imager analysiert.
- Die DC läuft über 3h in einer DC-Kammer. Als Puffer dient ein Ethanol-Ammoniak-Gemisch. Der Puffer wird stündlich getauscht.
- Nach Beendigung des Laufes wird die Platte getrocknet und wie oben beschrieben behandelt.
Der hauptsächliche Unterschied zwischen diesen Methoden besteht darin, dass die 1D-Elektrophorese ein sehr schnelles Instrument gg. der DC ist. Allerdings erlaubt die DC eine sehr viel saubere Auftrennung. Zudem ist die Reihenfolge der Auftrennung bei der 1D-Elektrophorese vom Auftrag ausgegangen: Peptidgemisch, Phospho-Tyrosin, Phospho-Serin/Threonin und freies Pi und dies ist genau umgekehrt bei der DC, da hier nicht nach der Größe, sondern nach Polarität aufgetrennt wird.
2D Dünnschicht-Elektrophorese auf Cellulose
[Bearbeiten]- Fortsetzung von 1D
- Membran entfernen und unter dem Abzug trocknen (>10 min)
- Elektrophorese-Apparatur reinigen und erneut mit Silikonöl beschichten
- Getrocknete Membran um 90° Richtung Kathode ("nach links!") gedreht auflegen
- Filterpapiere mit 2D-Puffer getränkt an den Enden auf die Membran legen
- Bei 1000V const. für ca. 10-15 min laufen lassen
1D-Puffer | 2D-Puffer | ||
---|---|---|---|
HCOOH | 5 ml | --- | |
Pyridin | --- | 1 ml | |
CH3COOH | 15,6 ml | 10 ml | |
mit MQ auf 200 ml auffüllen |
Materialien
[Bearbeiten]- Ninhydrinlösung : 0,2% (w/v) in Aceton oder Ethanol
- Ameisensäure-Eisessig-MQ : Ameisensäure 88%/Eisessig/MQ 5:15,6:179,4 pH 1,9
- Ethanol-Ammoniak-Gemisch : 96% Ethanol/25 % NH3 (fl.) 3,5:1,6
Übereinanderlegen von Platten-Scan und Phosphoimager-Bild
[Bearbeiten]- Beide Bilder in Photoshop öffnen
- Im Phosphoimager-Bild "Image/Adjustments/Auto Contrast" auswählen, um das Bild sichtbar zu machen
- Im Phosphoimager-Bild "Image/Mode/8 Bits/Channel" auswählen, um beide Bilder in der Farbtiefe kompatibel zu machen
- Im Platten-Scan "Image/Image Size" auswählen, Wert "Resolution" merken, Dialog schließen
- Im Phosphoimager-Bild "Image/Image Size" auswählen
- "Constrain proportions" muss aktiviert sein
- Unter "Resolution" den eben gemerkten Wert eintragen
- Unter "Width" die exakte Breite des Phosphoimager-Bildes eintragen (abzulesen am Phosphoimager-Originalbild)
- Dialog mit "OK" beenden
- Im Phosphoimager-Bild alles markieren (Strg-A) und kopieren (Strg-C)
- Im Platten-Scan "Layer/New/Layer" auswählen
- Das kopierte Bild einfügen (Strg-V)
- In der Layer-Palette "Opacity" regeln (z.B. auf 35), bis beide Bilder gut sichtbar sind
- In der Werkzeug-Palette das Auswahl-Verschiebe-Werkzeug anwählen (Pfeil mit Kreuz; oberste Zeile rechts)
- Das eingefügte Phosphoimager-Bild zur Deckung verschieben